Le prime notizie sulla vita del pittore risalgono al 1532, quando il padre Francesco, di professione capomastro, si trasferisce con la famiglia nel Bresciano, ad Azzano Mella; in questo giro d’anni Giovan Battista entra a far parte della bottega di colui che diverrà il suo maestro, Alessandro Bonvicino detto il Moretto. Nel 1537, proprio nel periodo in cui Moroni svolge il suo apprendistato, Moretto riceve il pagamento per la Madonna col Bambino e santi destinata alla chiesa di Sant’Andrea in Porta Dipinta a Bergamo: quest’opera, sia per la soluzione compositiva che per il naturalismo spinto e i colori intensi (in particolare l’indimenticabile natura morta in primo piano), sarà un riferimento costante per il pittore albinese.
In questi anni Moroni trae una serie di schizzi di bottega, immortalando dettagli di santi, sia singoli che di gruppo, ripresi dalle pale d’altare del
Moretto. Per questo risulta fondamentale la Madonna col Bambino e santi oggi a Brera (un tempo in Santa Maria degli Angeli a Gardone Val
Trompia, nel Bresciano): dal prototipo morettiano, l’allievo fisserà a penna un Sant’Antonio e un San Gerolamo, più volte ripresi nel
corso della sua carriera di pittore sacro.
Al 1545-1548 risale il primo episodio rilevante del Moroni ritrattista, la tela che immortala Marcantonio Savelli, un personaggio come riferito
dall’iscrizione incisa sul plinto appartenente a un’antica famiglia del patriziato romano.