N el 2000 il presidente della Repubblica Carlo Azeglio Ciampi conferisce a Vedova l’onorificenza di “benemerito della cultura e dell’arte”. Nell’autunno del 2002 l’artista dona alla città di Berlino sette Plurimi dell’Absurdes Berliner Tagebuch ’64, che dall’ottobre 2004 saranno installati in permanenza nella nuova sede della Berlinische Galerie. Sue opere figurano in varie istituzioni pubbliche e nella mostra A History of Italian Art in the 20th Century al Museum of Contemporary Art di Tokyo, nell’autunno nel 2001. Nel 2003 la Facoltà di design e arti dell’Università Iuav di Venezia gli conferisce la laurea “ad honorem” in Progettazione e produzione delle arti visive. Dal 2004 al 2006, nei suoi ultimi anni di vita, l’impegno artistico, comprensibilmente, si riduce, anche se Vedova continua a lavorare a monotipi come Spazio opposto - n. 33, del 2006, l’anno della sua scomparsa. Ma le mostre non si fermano. Nel 2004, per esempio, ecco una personale dell’artista alla Galerie Nothelfer di Berlino, con una selezione di teleri degli anni Ottanta; e in ottobre Vedova viene invitato da Celant nella mostra Arti e Architettura 1900- 2000 al Palazzo ducale di Genova, accanto, tra gli altri, a opere di Burri e Fontana. C’è ancora tempo per un ritorno negli Stati Uniti con una personale inaugurata nel febbraio del 2005 all’Istituto italiano di cultura di Chicago, che sarà poi itinerante, negli altri istituti italiani di Toronto, Los Angeles, San Francisco e New York. Ancora in quel 2005, all’Auditorium Parco della musica di Roma, progettato dal suo amico Piano, si apre la mostra Nono-Vedova Diario di bordo (curata da Stefano Cecchetto e Giorgio Mastinu) che sarà poi trasferita anche al teatro La Fenice di Venezia. Nel dicembre dello stesso anno, infine, si inaugura anche una sua personale alla Galleria Salvatore Ala a Milano, con opere storiche dagli anni Cinquanta agli anni Novanta. Il 21 settembre 2006 muore Annabianca, spezzando un legame che pareva indissolubile. Emilio Vedova le sopravvive solo per un mese e si spegne nella sua casa di Venezia il 25 ottobre.