Il pittore sta bene, possiede una casa nella calle de los Reyes e può dotare riccamente il figlio. Ma i tempi sono meno generosi: Napoleone, già imperatore dal maggio 1804, aspira a intervenire direttamente nella politica spagnola. Con il pretesto di recarsi in Portogallo, eserciti francesi entrano in Spagna, dove rivalità politiche interne scatenano tumulti. Nel marzo 1808 l’ammutinamento di Aranjuez provoca la caduta di Godoy e l’abdicazione di Carlo IV in favore del figlio Ferdinando VII, cui Napoleone sostituisce il fratello Giuseppe Bonaparte. Godoy viene arrestato e Jovellanos torna a Madrid.
L’invasione francese rappresenta per Goya una contraddizione, come per molti spagnoli simpatizzanti per le idee illuministe postrivoluzionarie, che si
trovavano di fronte la politica di occupazione militare napoleonica. Molti intellettuali come Jovellanos prendono le distanze dagli invasori, alleandosi
con la corrente più radicale dei realisti. Goya è fra questi, in una posizione difficile, Giuseppe Bonaparte gli concede l’Ordine reale di Spagna. Il 2
maggio 1808 il popolo reagisce con la “guerra de Independencia”, che termina con la proclamazione della Costituzione di Cadice del 1812, la cacciata di
Bonaparte l’anno dopo e il ritorno di Ferdinando VII. La guerra è vinta, ma lascia ferite profonde, Ferdinando VII infierisce su liberali, filofrancesi
e sul popolo stesso che ha voluto la Costituzione, richiama i gesuiti e ristabilisce l’Inquisizione. Nel 1815 il Congresso di Vienna riporta in Europa
l’Ancien régime. Goya è nelle liste di proscrizione e i beni di intellettuali e ministri illuministi vengono sequestrati.