Insieme ai successi e alla celebrità si mescolano le critiche. Una delle più gravi, ricorrente ancora ai giorni
nostri, è che la sua proposta educativa sia stata – come si è ripetuto superficialmente senza conoscere le cose – «un’applicazione pura e semplice del
metodo degli idioti ai bambini sani». Nel dattiloscritto La Storia
Maria controbatte che, se i princìpi basilari del Metodo sono gli stessi, per i bambini sani sono da considerare non solo i bisogni fisiologici ma anche
quelli del sistema nervoso che permettono quella che lei definisce “l’ascensione”, lo sviluppo psichico e cognitivo purtroppo più difficilmente
raggiungibile dai bambini svantaggiati.