Gli affreschi sono ignorati dalle fonti perché il monastero era di stretta clausura ed è riemerso alla pubblica conoscenza solo dopo le soppressioni del 1861. Da subito ebbe vasta fama, se già nel 1864 la granduchessa Maria di Russia volle visitare l’ambiente, all’epoca utilizzato come magazzino «dell’Amministrazione della guerra». Certamente però gli affreschi erano noti agli artisti che ne trassero ispirazione: oltre a Piero della Francesca per la Resurrezione, anche Ghirlandaio e Andrea del Sarto per un’interpretazione della Cena che farà scuola fino a Leonardo. Già nel 1890, anche a seguito del ritrovamento degli affreschi del registro superiore che erano stati scialbati, si concepì l’idea di fare del grande ambiente un museo dedicato ad Andrea del Castagno, in cui riunire anche altre opere dell’artista. Il Cenacolo di Sant’Apollonia, che ancora conserva questa denominazione, fu inaugurato nel 1911, ricostituendo il grande refettorio, e creando un nuovo ingresso, mentre negli anni Sessanta sono stati aperte delle finestre sulla parete opposta a quella originaria.
