Tutto il territorio è caratterizzato dall’alta presenza di fenomeni carsici, dovuti alla natura calcarea della roccia: aride pietraie, grotte, doline e inghiottitoi sono i tratti salienti di un paesaggio multiforme. A questi elementi, tipici del carsismo, si aggiungono spettacolari falesie, bianchi faraglioni e numerose grotte marine, più presenti nell’alta e frastagliata costa orientale tra Vieste e Mattinata. Celebri sono i due faraglioni di roccia calcarea, scolpiti dal vento in territorio di Mattinata nei pressi di “Baia delle zagare”, nome dovuto ai fiori degli alberi di limone presenti nelle vicinanze. Fotografatissimo è anche l’arco naturale di San Felice chiamato “l’architello”, a pochi chilometri da Vieste.

Del magnifico manto forestale che un tempo ricopriva interamente il promontorio è giunto a noi solo una parte, anche se i boschi millenari del Gargano continuano a costituire tuttora uno dei caratteri salienti di questa “isola” della Puglia. Faggi, cerri, lecci, carpini, in grado di superare anche i 30 metri di altezza, compongono la Foresta Umbra, nome dovuto alla grande ombra creata nel sottobosco dalla fittezza della vegetazione. Oltre a questi “giganti verdi”, altra particolarità è la presenza di almeno 17 varietà diverse di orchidee selvatiche, visibili praticamente ovunque e divenute un richiamo per fotografi e appassionati ai quali è dedicato il sentiero delle Orchidee del Gargano. Il paesaggio costiero è dominato dalla profumata macchia mediterranea, con arbusti sempreverdi di mirto, lentisco, cisto, euforbia arborea, tamerici e olivastro; non mancano grandi macchie di pini d’Aleppo, a volte in bilico sulle rocce, piegati dalla forza del vento. A quest’area settentrionale della Puglia appartiene l’arcipelago delle isole Tremiti, a circa dieci miglia marine dalla costa nord del promontorio. Cinque isole che lo compongono: San Nicola, San Domino, Capraia, lo scoglio di Cretaccio e l’isola di Pianosa. Quest’ultima è stata dichiarata Riserva marina integrale, con divieto assoluto di balneazione, pesca e navigazione a meno di 500 metri dalle sue rive.