Nell'incontro del vapore acqueo, il fermentato si riscalda e il vapore si arricchisce di alcol, portandolo con sé verso l'alto, fino alla cima della colonna. Raggiunta la sommità il vapore arricchito di alcol transita nella seconda colonna e scorre verso il basso fino alla base del rettificatore. In questo tragitto il vapore inizia a condensarsi per il graduale raffreddamento e l'acqua (che aveva dato origine al vapore) scende sulla base della colonna e viene eliminata dallo scarico.
Di contro, il vapore alcolico risale all'interno del rettificatore e, transitando su altra serie di placche di rame, inizia pian piano a condensare la componente alcolica desiderata. Gli alcoli con maggiore volatilità (testa) sono condensati nella parte alta della colonna, così come nella parte bassa si concentrano quelli più pesanti (coda). Nella parte centrale si condensa invece la porzione più ricercata e adatta allo scopo, cioè il cuore del distillato.
Le teste saranno eliminate fuoriuscendo dalla parte alta del rettificatore, così come le code dalla parte bassa. Le stesse potranno poi anche essere di nuovo immesse nelle successive partite di fermentato da distillare.
Per procedere al raffreddamento per la condensazione degli alcoli – per lo stesso concetto dello scalda fermentato nella distillazione discontinua – all'interno del rettificatore passa una serie di tubazioni che contengono il fermentato diretto all'analizzatore. Attraverso tale procedura si otterrà il duplice obiettivo di scaldare il fermentato ancor prima di introdurlo nell'analizzatore e, contemporaneamente, di raffreddare i vapori alcolici nel rettificatore facendoli condensare.
Occorre tenere ben presente che il processo di distillazione non prevede interruzioni né la necessità di pulire la macchina (come invece avviene nella distillazione discontinua). La grande differenza sta quindi nella velocità del procedimento e nel risparmio di tempo e consumi in relazione alla quantità di prodotto ottenuto. Una settimana di lavoro di distillazione continua equivale ad almeno un mese di procedure di distillazione discontinua.
La struttura della colonna e l'uso di calore diretto per generare vapore fanno sì che nel distillato finale difficilmente potranno trovarsi sentori sgradevoli.
A questo punto, sarebbe spontaneo chiedersi perché usare ancora la classica e tradizionale distillazione discontinua. Nella distillazione classica discontinua il fermentato rimane in contatto per lungo tempo con il rame dell'alambicco (caldaia, capitello, collo di cigno), andando incontro a reazioni chimiche particolari e proprie di ogni singolo alambicco. È proprio in questa fase che il distillato riceve il proprio carattere personale, quindi una sorta di firma esclusiva prodotta da quella casa e non replicabile. Nella distillazione continua, che potremmo anche chiamare industriale, il distillato è senza difetti, ma risulta appiattito e privo di carattere.