La distillazione per l'ottenimento del Cognac deve avvenire solo in alambicco charentais. Alcune caratteristiche che lo contraddistinguono sono la caldaia di dimensioni ridotte, con un volume non superiore a 30 ettolitri che può essere riempito con un massimo di 25 ettolitri, ferma restando una piccola percentuale di arrotondamento, e lo scaldavino, cioè un contenitore nel quale viene posto il vino prima dell'ingresso in caldaia, attraversato dalla serpentina nella quale transitano i vapori idroalcolici frutto della distillazione e che consente un doppio risultato: riscaldare il vino che dovrà poi scendere nella caldaia e nel contempo raffreddare i vapori idroalcolici che dovranno ricondensarsi allo stato liquido.
Sono necessarie due fasi di distillazione per il Cognac: dalla prima, chiamata première chauffe – che si protrae anche per 8-12 ore – si ottiene il brouillis, un liquido lattiginoso, non privo di impurità, il cui contenuto in alcol è in genere intorno al 25-30%. Segue la bonne chauffe, lento e meticoloso processo di distillazione che dura fino a 12 ore. L'eau-de-vie che se ne ottiene ha un contenuto in alcol tra il 65 e il 70%, quindi al di sotto di quanto sancito da un disciplinare che fissa in 72,4% il contenuto massimo.
In questa fase il prodotto ottenuto, non avendo subito il prescritto periodo di maturazione in legno, non può ancora essere chiamato Cognac.
Prima che l'eau-de-vie possa diventare Cognac sono necessari 24 mesi d'invecchiamento, a partire 1° aprile dell'anno successivo alla vendemmia; la distillazione deve avvenire entro il 31 marzo dell'anno seguente la raccolta e il prodotto distillato dev'essere posto in botti, realizzate in prevalenza con legni del Limousin, lavorati a spacco e senza l'uso di colla e chiodi, entro un giorno dalla distillazione. Il Cognac è poi sempre frutto dell'assemblaggio di più botti, anche diverse tra loro per età e tempi di utilizzo, contenenti però distillati provenienti dalla medesima area produttiva.
Del tutto abbandonata, anzi, bandita è la prassi di far invecchiare il distillato in botti che avevano già contenuto vini dolci o particolari quali il Banyuls, il Sauternes o simili.
Le botti utilizzate possono essere nuove, ma anche di secondo, terzo passaggio, o anche più; queste scelte fanno parte delle ricette segrete del maestro di cantina.
Nota di curiosità, ma anche di vanto per questi maestri, è la presenza sulle mura e sui tetti delle cantine d'invecchiamento del Cognac della torula, particolare muffa grigio scura che si nutre dei vapori del Cognac durante la permanenza in botti, in combinazione con i nitrati di potassio delle murature.
La part des anges fa parte della leggenda di questo grande distillato: si tratta della percentuale, stimata tra il 2 e il 3% del prodotto stoccato, che, grazie alla porosità e alla capacità traspirante dei legni, evapora riducendo lentamente il contenuto delle botti e la quantità di alcol in esse presente. Dati statistici quantificano che la part des anges del Cognac sarebbe capace di colmare, ogni anno, almeno 20 milioni di bottiglie!